หนูเป็นสัตว์ค่อนข้างฉลาด และสามารถปรับตัวให้เข้ากับสิ่งแวดล้อมได้เป็นอย่างดี ทั้งยังแพร่พันธุ์ได้รวดเร็ว การที่จะหาทางป้องกันและกำจัดให้ได้ผลนั้นต้องมีวิธีการที่แน่นอน ถูกต้องตามหลักวิชาการ และต้องปราบอย่างต่อเนื่องจึงจะสามารถลดประชากรของหนูลงได้ โดยมีขั้นตอนดังต่อไปนี้

1.สำรวจการแพร่ระบาดของหนู  มีความสำคัญและจำเป็นต่อการป้องกันและกำจัดหนู เพราะช่วยให้ทราบว่ามีหนูอยู่บริเวณนั้นมากน้อยเพียงใด ร่องรอยของหนูที่สามารถสำรวจได้ ได้แก่ รอยกัดแทะ โพรงหรือรูหนู รอยทางเดิน มูลหนู รอยเมือก กลิ่นสาบ เป็นต้น
2.ลดที่อยู่อาศัยและป้องกันหนู การกำจัดสภาพแวดล้อมที่เหมาะสมต่อหนู เพื่อลดแหล่งอาหาร ที่อยู่อาศัยของหนู และป้องกันหนูจากภายนอกเข้ามาภายในบริเวณอาคาร เป็นการลดจำนวนประชากรของหนูได้ทางหนึ่ง การป้องกันมิให้หนูเข้าสู่อาคารหรือที่พักอาศัย อาคารที่สามารถป้องกันมิให้หนูเข้าได้นั้นจะต้องไม่มีช่องหรือทางเปิดอื่นใดพอที่หนูจะเข้าไปได้ ปิดหรืออุดทางหนูเข้าออก เมื่อสำรวจพบว่ามีช่องทางเดินของหนู กำจัดมูลฝอย ซึ่งเป็นอีกวิธีหนึ่งที่สามารถทำลายแหล่งอาหารและที่พักอาศัยของหนู การปรับปรุงอาคารสำนักงานและที่อยู่อาศัย ให้ถูกสุขลักษณะ การเก็บพวกอาหารแห้ง การเก็บอาหารแห้งที่ถูกต้องและเหมาะสมให้ปลอดภัยจากหนู
3.การเลือกวิธีกำจัดที่ถูกต้อง การเลือกวิธีกำจัดดูได้จากการสำรวจว่าพบหนูชนิดใด มีปริมาณมากน้อยเพียงใด การกำจัดหนูให้ได้ผลมีหลายวิธี ขึ้นอยู่กับความเหมาะสมของสถานที่และสภาพแวดล้อม

การทำลายหนูโดยตรงมีอยู่หลายวิธี คือ

วิธีกล โดยการใช้การวางกาว และกับดักแบบกรง การวางกับดักหนูควรวางไว้ที่ที่หนูมาหาอาหาร ทางเดินของหนู โดยวางชิดกับฝาผนังหรือวางซ่อนตามกองอาหาร

ข้อควรคำนึง
 การใช้กรงดักหนู คือ การใช้กรงดักมากจุดให้ผลดีกว่าการใช้น้อยจุด
 ประสิทธิภาพของกรงดักต้องดี หนูมากินเหยื่อเมื่อใดต้องดักได้ทันที
 ก่อนจะนำกรงดักไปใช้อีกครั้ง ควรทำการกำจัดกลิ่นสาบหนูให้หมด

การใช้สารเคมี ก่อนที่จะทำการวางเหยื่อพิษ จะต้องคำนึงถึง

 ต้องเลือกเวลาและการควบคุมให้เหมาะสม เช่น ควรจะใช้ในฤดูแล้ง หรือขณะเตรียมการเพาะปลูก เพราะว่าหนูกำลังอดอาหาร
 การวางเหยื่อล่อจะวางที่ใดบ้าง จะต้องทำสำรวจก่อน อาหารในบริเวณบ้านจะต้องเก็บให้มิดชิด เพื่อมิให้หนูมีโอกาสเลือกอาหารกินได้
 การกำจัดหนูโดยใช้เหยื่อพิษแล้วจะต้องมีการปรับปรุงอนามัยสิ่งแวดล้อมควบคู่กันไปด้วย เพื่อเป็นการกำจัดหนูที่ถาวร และได้ผลดี

ประเภทของสารเคมีกำจัดหนู

1. การกำจัดหนูประเภทออกฤทธิ์เร็ว (acute poisoned rodenticides, single dose rodenticides) เป็นสารที่ออกฤทธิ์เฉียบพลันทันที เมื่อหนูได้รับสารนี้เพียงครั้งเดียว (Single dose) เช่น Arsenic, Sodium Fluoracetate, Zinc Phosphide, Castrix, Antu เป็นต้น ข้อดี คือ หยุดการทำลายของหนูฉับพลัน, ประหยัดค่าใช้จ่าย และหนูไม่สร้างภูมิต้านทานยาพิษ ข้อเสีย คือ หนูเข็ดขยาดเหยื่อ, อันตรายสูงต่อมนุษย์และสัตว์อื่น, หนูไม่ค่อยยอมรับเหยื่อ, ไม่มียาแก้พิษ
2. สารกำจัดหนูประเภทออกฤทธิ์ช้า (chronic poisoned rodenticides, slow acting poisoned rodenticides) สามารถแบ่งได้อีก 2 กลุ่มย่อย คือ ออกฤทธิ์ช้ายุคแรก ต้องกินหลายครั้งถึงจะตาย (Multiple Dose) เช่น Warfarin, Coumatetralyl, Pival, Coumachlor, Diphacinone, Coumafurul, Chlorophacinone เป็นต้น และออกฤทธิ์ช้ายุคที่สอง กินครั้งเดียวตาย (Single Dose) เช่น Difenacoum, Bromadiolone, Brodifacoum, Bromethaline, Flocoumafen เป็นต้น ข้อดี คือ หนูไม่เข็ดขยาดเหยื่อ, จัดหนูได้หมด 100%, ปลอดภัยต่อมนุษย์และสัตว์อื่น, ป้องกันการต่อต้านจากสารกำจัดหนูยุคต้น, มียาแก้พิษ ข้อเสีย คือ มักไม่เห็นซากหนู, ตายช้าไม่ทันใจผู้ใช้

การใช้สิ่งมีชีวิตช่วยควบคุม

สิ่งที่มีชีวิตตามธรรมชาติที่เป็นศัตรูกับหนู เช่น สุนัข แมว งู (งูเห่า งูแสงอาทิตย์ งูสิง งูเหลือม) นก (นกเค้าแมว เหยี่ยว) พังพอน