มาตรฐานโรงงานที่กำหนดคุณภาพของยา ก็คือ GMP หรือ Good Manufacturing Practice ซึ่งหมายถึง หลักเกณฑ์และวิธีการที่ดีในการผลิต ถือเป็นหัวใจสำคัญของการประกันคุณภาพเพื่อให้เกิดความมั่นใจว่าผลิตภัณฑ์ ได้ผ่านกรรมวิธีการผลิตและผ่านการควบคุมคุณภาพอย่างถูกต้อง ตรงตามมาตรฐานที่ได้ขึ้นทะเบียนไว้

แต่มาตรฐาน GMP ก็ไม่ได้หยุดนิ่ง มีการพ้ฒนา แก้ไขและปรับปรุงอยู่ตลอดเวลา จนถึงปัจจุบัน มาตรฐาน GMP ที่ สำนักงานคณะกรรมการอาหารและยา หรือ อย. ประกาศเป็นกฎกระทรวง เมื่อ ปีพ.ศ. 2554 และเริ่มใช้เมื่อ ปี พ.ศ. 2555 ก็คือ GMP ที่อ้างอิงหลักเกณฑ์และข้อกำหนดอนุสัญญาระหว่างประเทศ ด้านการตรวจประเมินยาแห่งสหภาพยุโรป (PIC/S : Pharmaceutical Inspection Co-operation Scheme) หรือ GMP PIC/S

การเลือกใช้มาตรฐาน GMP PIC/S ถือเป็นการยกระดับมาตรฐานการผลิตยาและพัฒนาศักยภาพของบุคลากรให้เทียบเท่ากับกับมาตรฐานของสหภาพยุโรป ทำให้คุณภาพของผลิตภัณฑ์ในประเทศทัดเทียมกับสินค้าจากประเทศในแถบยุโรป จึงก่อให้เกิดประโยชน์ต่อเกษตรกร ที่จะได้รับสินค้าที่มีคุณภาพ ในราคาที่ยุติธรรม

มาตรฐาน GMP PIC/S ถือเป็นมาตรฐานที่มีความเข้มงวด, เคร่งครัดและครอบคลุม ซึ่งแตกต่างจาก GMP-WHO (World Health Organization : องค์การอนามัยโลก) และเมื่อนำมาเปรียบเทียบกัน จะเห็นได้ว่า GMP-WHO ของประเทศไทยที่มีข้อบังคับทั้งสิ้น 77 ข้อ กับ GMP-PIC/S ที่มีข้อบังคับทั่วไป 217 ข้อและข้อบังคับเพิ่มเติมอีกอย่างน้อย 240 ข้อรวมแล้วกว่า 457 ข้อ พบว่า ข้อบังคับต่างๆที่เพิ่มมานั้น เกิดจากการที่ PIC/S ให้ความสนใจในสภาวะแวดล้อมของการทำงานเพื่อลดความเสี่ยงของการปนเปื้อนจากสภาวะแวดล้อมสู่ผลิตภัณฑ์ เช่น

ระบบน้ำ มีการเลือกใช้ท่อสแตนเลสเกรด 316L (ชนิดเดียวกับที่ใช้ในร่างกายมนุษย์) มาใช้เป็นท่อส่งน้ำ เพื่อป้องกันการเกิดสนิม และลดโอกาสที่จะเกิด biofilm จากเชื้อแบคทีเรียและเมื่อมีการเชื่อมต่อ จะต้องใช้วิธีเชื่อมที่เรียกว่า Orbital welding หลังจากที่เชื่อมเสร็จจะต้องตรวจสอบโดยการส่องกล้อง Borescope และถ่ายรูปไว้เป็นหลักฐาน หลังจากนั้นจะต้องทำการ Passivation เพื่อกำจัดคราบเหล็กที่เกิดจากเชื่อมภายในท่อและเพื่อทำให้เกิดชั้น film ของ Chromium เพื่อป้องกันการเกิดสนิมในอนาคต

ระบบอากาศ ได้มีการกำหนดความสะอาดในพื้นที่ผลิตยาที่ไม่ใช่ยาปลอดเชื้อ (Non-Sterile products) ให้เป็น Clean room เช่นเดียวกับยาปลอดเชื้อ (Sterile products) นอกจากนั้นยังมีการแบ่งสภาวะของห้องงานเป็น 2 สภาวะ คือ สภาวะพัก และสภาวะทำงาน ซึ่งทั้งสองสภาวะจะต้องมีการตรวจสอบความถูกต้องทุกปี เป็นต้น

มาตรฐาน GMP PIC/S จะครอบคลุมกระบวนการผลิตในทุกขั้นตอน ตั้งแต่การพิจารณาเลือกซื้อวัตถุดิบ จนถึงการจัดเก็บและส่งสินค้าสำเร็จรูปให้กับลูกค้า

การคัดเลือกวัตถุดิบ เกษตรกรส่วนใหญ่มักจะให้สำคัญกับวัตถุดิบหลักมากกว่าส่วนประกอบหรือสารช่วยอื่นๆ แต่ในความเป็นจริงแล้ว มาตรฐานในการคัดเลือกและการตรวจสอบคุณภาพของวัตถุดิบทุกๆชนิด มีมาตรฐานเดียวกัน คือ มาตรฐานจาก เภสัชตำรับ (Pharmacopeia) โดยส่วนใหญ่จะเลือกใช้ เภสัชตำรับจากประเทศสหรัฐอเมริกา (USP : United State Pharmacopeia) และ เภสัชตำรับจากประเทศอังกฤษ (BP : British Pharmacopeia) ซึ่งจะระบุมาตรฐานและวิธีการตรวจสอบวัตถุดิบ ดังนั้นวัตถุดิบที่นำมาใช้ผลิตยา จะต้องผ่านการทดสอบในทุกหัวข้อที่ระบุไว้ในเภสัชตำรับ

การควบคุมคุณภาพในกระบวนการผลิตก็มีความสำคัญเช่นกัน ทั้งนี้เพื่อให้มั่นใจในคุณภาพของผลิตภัณฑ์ในแต่ละรุ่นการผลิต ไม่ว่าจะเป็นการควบคุมปัจจัยต่างๆที่มีผลกระทบต่อกระบวนการผลิต เช่น เครื่องจักรที่ใช้ในการผลิต ก็จะต้องมีการตรวจสอบความถูกต้องในการติดตั้ง การทำงาน และประสิทธิภาพของเครื่อง ก่อนที่จะนำมาใช้งานจริง และต้องมีการตรวจติดตามประสิทธิภาพของเครื่องจักรอย่างสม่ำเสมอ

การผสมยา ปัจจัยที่มีความสำคัญต่อคุณภาพของยา คือ เวลาที่ใช้ในการผสม และความเร็วรอบของเครื่องจักร ทังนี้เพื่อให้ตัวยาสำคัญมีการกระจายตัวอย่างสม่ำเสมอ เพราะฉะนั้น ทั้ง 2 ปัจจัยนี้จะเป็นตัวแปรที่ทำให้คุณภาพผลิตภัณฑ์ในแต่ละรุ่นแตกต่างกัน

จากกระบวนการที่กล่าวมาทั้งหมดเรียกได้ว่าเป็นการควบคุมคุณภาพและประกันคุณภาพของยาระหว่างผลิต แต่การจะพิสูจน์ได้ว่าผลิตภัณฑ์นั้นมีคุณภาพหรือไม่ สามารถทำได้โดยการตรวจวิเคราะห์ปริมาณตัวยาสำคัญในผลิตภัณฑ์ ตามเภสัชตำรับโดยใช้เครื่องมือที่มีความเฉพาะเจาะจง และมีความแม่นยำสูง เพื่อให้ได้ผลการวิเคราะห์ที่มีความน่าเชื่อถือ

กว่าที่จะเป็นผลิตภัณฑ์คุณภาพ จะต้องผ่านขั้นตอนการตรวจสอบและควบคุมอย่างเข้มงวด ซึ่งระดับของความเข้มงวดก็จะขึ้นอยู่กับมาตรฐานที่โรงงานเลือกใช้ เพื่อให้เกิดประโยชน์สูงสุดและเกิดความคุ้มค่ากับการลงทุนของเกษตรกร การพิจาณาถึงมาตรฐานของโรงงาน จึงเป็นอีกปัจจัยที่จะต้องให้ความสำคัญ ซึ่งข้อมูลในส่วนนี้ไม่ได้ระบุไว้ในทะเบียนยา

สำหรับเกษตรกรที่ยังคงเลือกซื้อเคมีมาผสมใช้เอง โดยมีความเชื่อที่ว่าจะมีต้นทุนที่ถูกกว่า แต่เมื่อเปรียบเทียบกับผลที่ได้แล้ว อาจพบว่าประสิทธิภาพในการรักษากลับมีความไม่แน่นอน ไม่สม่ำเสมอ ควบคุมได้ยาก นอกจากนั้นยังถือว่าเป็นการกระทำที่ผิดต่อกฎหมายอีกด้วย